Rezerwat "Jeziora Karaś" - zajmuje powierzchnię ok. 816 h :: Jezioro :: wraz z otaczającymi je bagnami jest miejscem lęgowym ponad 80 gatunków ptactwa wodnego i błotnego. Na szczególną uwagę zasługuje łabędź niemy, żuraw oraz gęś gęgawa. Ponadto gnieździ się tu wiele gatunków dzikich kaczek, m.in. rzadki płaskonos i krakwa Jest to cenny obiekt ornitologiczny został on objęty Konwencją z Ramsar.
Rezerwat "Jasne" - obejmuje :- jezioro Jasne ( pow. 11,19 ha ) - powstało po wytopieniu bryły lodu zalegającej w grubych warstwach piasku charakteryzuje się wyjątkową przejrzystością wody. Światło dociera do 14-15 m. Jest wyjątkowo ubogie o wysokiej kwasowości wody ( ph=4,3 ), co znajduje swoje odbicie w ubóstwie fauny i flory.
- jezioro Luba (pow. 2,42 ha) - jest jeziorem dystroficznym otoczonym przez szerokie plo torfowe, ciągnące się wąską rynną w kierunku północnym. Rozwija się tam szerokie spektrum roślinności torfowiskowej, począwszy od torfowiska niskiego, przez przejściowe do fragmentów zubożałej postaci torfowiska wysokiego.
Rezerwat "Czerwica" - rezerwat faunistyczny (pow.53,87 ha) utworzony dla ochrony kolonii kormorana czarnego i czapli siwej. Kolonia istnieje od 1934 r. i gniazdują w niej oprócz kormoranów czaple siwe. Aktualnie znajduje się tu ok. 200 gniazd w większości zajmowanych przez kormorany. Największą liczebność kormoranów w kolonii obserwowano w latach 50-tych, gdy występowało w niej ponad 900 gniazd. Teren rezerwatu pokrywa starodrzew w składzie: dąb bezszypułkowy, buk, sosna, świerk.
Rezerwat "Jezioro Gaudy" - obejmuje jez. Gaudy oraz przylegające do jeziora od strony wschodniej bagna. Powierzchnia rezerwatu wynosi 332,53 ha. Celem ochrony jest zachowanie miejsc lęgowych ptactwa wodno-błotnego oraz zespołów roślinności torfowiskowej. Występują tu takie gatunki, jak: bąk, podgorzałka, krakwa, cyranka, żuraw, kropiatka, zielonka, wodnik, strumieniówka, świerszczak, podróżniczek, słowik szary. Jesienią na jeziorze gromadzi się do kilku tysięcy ptaków wodnych, które znajdują tu bezpieczne miejsce żerowania i odpoczynku. Okoliczne bagna są z kolei noclegowiskiem żurawi, które w latach 80 - tych na jesiennych przelotach gromadziły się w liczbie 2000-3000 osobników. Aktualnie stada te nie przekraczają kilkuset osobników. W 1998 r. introdukowano bobry, które osiedliły się zarówno
rezerwacie, jak i na obrzeżach, tworząc niewielkie rozlewiska. Rezerwat "Jezioro Gaudy" jest trudno dostępny ze względu na rozległe i niebezpieczne bagna. Taflę jeziora można zobaczyć jedynie od strony wsi Rudniki i Kamieniec.
Rezerwat "Rzeki Drwęcy" - rezerwat wodny (pow.1287,48 ha) utworzony w celu ochrony środowiska wodnego i ryb w nim bytujących, a w szczególności w celu ochrony środowiska pstrąga, łososia, troci,certy. Obejmuje Drwęcę od źródeł do ujścia z dopływami: Grabiczka, Dylewka, Pobórska Struga, Gizela, Iławka, Elsza, Wel, Rypienica i Ruziec oraz j. Ostrowin i j. Drwęckie oraz pasy gruntów szerokości 5 metrów od ich brzegów.
Rezerwat : "Buczyna na Łaniochu" - o pow. 214,5 ha; obejmuje las bukowy - buczynę pomorską o bogatym runie rosnącą 4 km na wschód od wsi Gardzień, obejmującą teren na południe od Zatoki Widłąg. Celem ochrony jest zachowanie najbardziej wartościowego na terenie całego Pojezierza Iławskiego fragmentu buczyny pomorskiej, która występuje w formie dwóch zespołów: buczyny żyznej i buczyny kwaśnej. Największą powierzchnię zajmuje buczyna żyzna, która dodatkowo różnicuje się na dwa podzespoły: buczyny kokoryczowej i buczyny typowej. Oba zbiorowiska są rzadkie na terenie całego Pojezierza Iławskiego, a buczyna kokoryczowa jest obecnie zbiorowiskiem prawie reliktowym na tych terenach. Buczyna typowa
zajmuje grzbiety i zbocza moreny czołowej. Zastoiskowe zagłębienia porasta łęg olszowo-jesionowy, a w jego sąsiedztwie rozwija się buczyna kokoryczowa lub fragmenty żyznego grądu czyśćcowego głębokości 31,8 m.
W przyszłości przewiduje się powstanie 4 nowych rezerwatów:
Rezerwat "Żurawinowe Bagno" - o pow. 52,4 ha; położony na północno-wschodnim skraju Smolnik; obejmuje torfowisko niskie i przejściowe z otaczającym drzewostanem
Rezerwat "Krzywy Róg" - o pow. 77,6 ha; obejmuje półwysep nad Jeziorakiem porośnięty buczyną i olchą.
Rezerwat "Borowe Bagno" - o pow. 92,4 ha - obejmujący obszar torfowiskowy porośnięty w centralnej części borem bagiennym o cechach naturalnych z udziałem roślin rzadkich i chronionych na obszarze dawnej zatoki Jez. Piotrkowskiego Małego.
Rezerwat "Witoszewskie Grądy" - celem jest zachowanie rzadkich na terenie Parku i coraz rzadszych w Polsce, dobrze rozwiniętych, żyznych zbiorowisk leśnych, jak lasy grądowe, które na obszarze projektowanego rezerwatu występują w pełnej skali zmienności: od najżyźniejszego grądu czyśćcowego i kokoryczowego, przez grąd typowy do grądu trzcinnikowego. Stwierdzono tu 294 gatunki roślin naczyniowych, w skład których wchodzą zarówno gatunki chronione, rzadkie i zagrożone. Nagromadzenie tak dużej liczby gatunków w małym terenie świadczy o znacznym zróżnicowaniu siedliska i ich żyzności. Z gatunków chronionych występuje tu m.in.: tojad dzióbaty